尽管脱氧核反应糖核反应酸命令行被广泛主要用途目的点特异持续性,但是决定脱氧核反应糖核反应酸总编辑结果的因素由此可知不十分吻合。
2020年7年底23日,迈耶统计分析所David R. Liu团队在Cell 运用软件公开发新表篇名“Determinants of Base Editing Outcomes from Target Library Analysis and Machine Learning”的统计分析博士论文,该统计分析在爬行动物细胞膜中会38,538个基因第三组结合靶标上总括了11个嘧啶和核苷酸脱氧核反应糖核反应酸命令行(CBE和ABE)的碱基-活持续性的关系,并运用于可得结果训练了BE-Hive,这是一种机器学习三维,可正确地分析脱氧核反应糖核反应酸总编辑子代结果(R ≈0.9)和效率(R≈0.7)。
统计分析工作人员以≥90%的正确地度有错了3388个与疾病相关的SNV,其中会以外675个等位基因,其“很多人”核反应苷酸被BE-Hive正确分析,因此没有总编辑。该统计分析注意到了直到现在没有分析的C-to-G或C-to-A总编辑的决定因素,并借助这些注意到以≥90%的正确持续性有错了174个病原持续性SNV的编码碱基。当初,该统计分析借助BE-Hive的却是来外观设计独树一格的CBE见下文,以通气总编辑结果。这些注意到很感兴趣了脱氧核反应糖核反应酸总编辑,做到了直到现在难于处理事件的目的的总编辑,并为属于自己基础命令行提供了改进的总编辑功能。
另外,2020年7年底8日,迈耶统计分析所David R. Liu及芝加哥大学医学院Joseph D. Mougous主导通讯系统在Nature 运用软件公开发新表篇名“A bacterial cytidine deaminase toxin enables CRISPR-free mitochondrial base editing”的统计分析博士论文,该统计分析描述了一种微生物间微生物,将其命名为DddA,它可以催化dsDNA中会胞苷的脱氨。该统计分析外观设计了无毒且无活持续性的split-DddA半分兄:DddA拆分的一部分结构域(线粒体激活兄由此可知效应兄模组酶)和尿嘧啶线粒体酶抑制剂的揉合,归因于了无RNA的DddA衍生的嘧啶脱氧核反应糖核反应酸命令行(DdCBE),可催化人mtDNA中会的C?G到T?A裂解,具备高靶标特异持续性和产品纯度。该统计分析运用于DdCBEs建模生命本体细胞膜中会与疾病相关的mtDNA特异持续性,从而导致呼吸速率和水解线粒体的改变。仅有CRISPR的DdCBE可以精准操纵mtDNA,而不是抑制因被特异持续性核反应酸酶切出而归因于的mtDNA拷贝,这对细胞内疾病的统计分析和潜在治疗具备广泛的涵义。
2020年6年底29日,迈耶统计分析所David Liu在Nature Biotechnology 运用软件公开发新表篇名“Programmable m6A modification of cellular RNAs with a Cas13-directed methyltransferase”的统计分析博士论文,该统计分析说明了具备截短的METTL3甲基移转到酶结构域或者是METTL3:METTL14甲基移转到酶复合物与核反应取向dCas13揉合本体,可以对细胞膜质RNA展开特异持续性m6A掺入,而前者的揉合酶脱靶活持续性特别低。一环多个基因座的独立细胞膜测定法得出结论,这种特异持续性RNA线粒体(TRM)种系统以高特异持续性激活了有效的m6A配置在内源RNA线粒体物中会。当初,该统计分析指出TRM可以诱导m6A激活的线粒体本丰度变化和并不需要持续性剪接。这些注意到将TRM制度化为主要用途特异持续性线粒体第三组工程的工具,可以了解到单个m6A修饰的作用并统计分析其功能作用。
2020年6年底22日,迈耶统计分析所David Liu团队在Nature Biotechnology 运用软件公开发新表篇名“Genome editing with CRISPR–Cas nucleases, base editors, transposases and prime editors”的概述短文,该概述首先描述已总括的Cas9和Cas12核反应酸酶的天然变异本体,并详尽介绍具备拓展的特异持续性仅限于和特异持续性的Cas9和Cas12核反应酸酶变异本体的开发新。接下来,该概述讨论脱氧核反应糖核反应酸命令行的开发新和运用,这些命令行可精准配置点特异持续性而无才可肽键DNA断裂(DSB)或供本体DNA巨集。当初,该概述总结了新兴的CRISPR–Cas基因第三组总编辑工具,以外激活大片段DNA重排的Cas转座兄和重第三组酶,以及主要命令行,它们以替换独有DNA碱基的手段同样将总编辑后的碱基复制到目的DNA基因座。
基因第三组DNA中会特异持续性核反应苷酸的总编辑是统计分析和治疗运用的一项关键因素功能。单核反应苷酸见下文(SNV)达占有据信致病等位基因的一半,因此有针对持续性的点特异持续性可以促进遗传病的统计分析或潜在治疗。直到现在,统计分析工作人员开发新了嘧啶脱氧核反应糖核反应酸命令行(CBE)和核苷酸脱氧核反应糖核反应酸命令行(ABE),它们主导做到了所有四个发挥作用点特异持续性的特异持续性(C→T,T→C,A→G ,以及G→A),并具备高的盼望替换率与不盼望的插入和遗漏(indels)百分比。
脱氧核反应糖核反应酸总编辑的实用持续性很感兴趣了具备有所不同属持续性的脱氧核反应糖核反应酸命令行见下文的开发新。此前,通过统计分析少量基因第三组基因座的总编辑结果来收集这些属持续性,有时候并不需要这些基因座与当初的基因第三组总编辑统计分析相一致。但是,脱氧核反应糖核反应酸命令行和目的碱基之间的相互作用会以多由此可知的,有时是不恰当的手段直接影响总编辑结果。结果,获得具备所才可效率的所才可子代有时候才可要对每个靶标展开脱氧核反应糖核反应酸总编辑和单向导RNA(sgRNA)并不需要的成果优化。
某些不简便主要用途脱氧核反应糖核反应酸总编辑的法规规章的可行目的但会被显然,因为主要用途目的并不需要的简单规章没有实质上捕获脱氧核反应糖核反应酸总编辑的仅限于。对脱氧核反应糖核反应酸总编辑的碱基和脱氨酶决定因素展开种系统,年底的统计分析将增强我们对脱氧核反应糖核反应酸命令行的解释,促进它们在精准总编辑运用程序中会的运用于,并指导属于自己脱氧核反应糖核反应酸命令行的开发新。
短文模式由此可知(由此可知取自Cell )
在这项统计分析中会,统计分析工作人员开发新了包含38,538对sgRNA和靶碱基对的漫画版,并将它们结合到三种爬行动物细胞膜一般来说的基因第三组中会,以年底总括8种风靡一时CBE和ABE的脱氧核反应糖核反应酸总编辑结果和碱基-活持续性的关系。统计分析工作人员统计分析了脱氨酶,碱基背景和细胞膜一般来说在未确定脱氧核反应糖核反应酸总编辑归因于的子代中会的作用,并开发新了一种机器学习三维,可以在任何目的位置正确地分析脱氧核反应糖核反应酸总编辑结果,以外许多直到现在不可分析的构造。
借助可得个人信息,统计分析工作人员运用了各种脱氧核反应糖核反应酸命令行(以外新近外观设计的见下文),将3388个与疾病相关的SNV的子代和2399个编码碱基正确地地校正为野生型(≥90%的精度),以外通过非法规的脱氧核反应糖核反应酸总编辑结果。这些注意到大大扩展了我们对脱氧核反应糖核反应酸总编辑的解释,并了解到了属于自己和当初描述的脱氧核反应糖核反应酸命令行的新版本。
独有引自:
Andrew V. Anzalone, Luke W. Koblan Max David R. Liu, et.al. Genome editing with CRISPR–Cas nucleases, base editors, transposases and prime editors. Nature Biotechnology volume 38, pages824–844(2020)
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